Ένα από τα πλεονεκτήματα της μαύρης σοκολάτας είναι η ικανότητά της να καταπολεμά τις ελεύθερες ρίζες. Οι ελεύθερες ρίζες είναι μη ισορροπημένες ενώσεις που δημιουργούνται από κυτταρικές διεργασίες στο σώμα και είτε προστατεύουν τον οργανισμό από ιούς, παράσιτα και μικρόβια, είτε μεταλλάσσουν το DNA, καταστρέφουν υγιή κύτταρα, προκαλούν βλάβες στις πρωτεΐνες και στα λιπίδια των κυττάρων. Τα αντιοξειδωτικά είναι οι ενώσεις που θεωρείται ότι εξουδετερώνουν τις ελεύθερες ρίζες και προστατεύουν το σώμα από τη βλάβη τους.